Le village de Saint-Jean-de-Maruéjols-et-Avéjan est installé entre Cèze et Cévennes, sur la bordure orientale de la plaine allant de Barjac à Saint-Ambroix, dans la partie sud-ouest du Bas-Vivarais. Cette région de plateaux karstiques, se déclinant souvent en collines, est située au sud-est du Massif-Central, à proximité des Cévennes et du Mont Lozère.
Adossé aux contreforts du plateau karstique de Méjannes-le-Clap, le village est situé à une altitude comprise entre 96 m, à Galinier au bord de la Cèze, et 221 m au Puech Margal. Les collines formant la bordure du plateau sont couvertes de forêts de chênes pubescents (chênes blancs ou « blaches ») et la plaine, sillonnée par de nombreux ruisseaux et leurs ripisylves, présente un agréable paysage bocager. Le ban de la commune longe la Cèze sur deux tronçons : d’une part, à la confluence avec la Claysse, et d’autre part, dans les gorges entre les Baux et Galinier.
La richesse de la biodiversité locale est en harmonie avec la beauté du paysage.
